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本部門遵循TAF ISO 15189 認證的規範執行各項檢驗前、中、後的流程，所有檢驗項目均定期參加國內外之各項能力測試與實驗室間比對，歷年來成績優異，同時進行持續改善計畫，以確保檢驗結果之正確性。
臨床病理部的業務範圍主要是特殊檢驗項目，與各大醫院、診所合作，集中檢驗以避免醫療資源的浪費。服務內容主要為重金屬檢測、新生兒篩檢與分子醫學檢驗等，檢驗報告準確迅速，專業且服務熱誠。為了良好的收檢服務，在台北市與新北市建立收檢服務網，並提供預防保健與相關檢驗諮詢之服務。
檢驗業務
1.重金屬檢測：鉛、鋁、鎘、汞、銅、鋅、鎳等項目。為行政院勞動部職業安全衛生署認可之血中鉛、尿中鉛、尿中鎳、尿中汞、尿中鎘及血中汞檢驗機構。重金屬定量分析是本中心的發展重點。
2.肝炎檢測：A、B、C及D型肝炎之抗原及抗體。
3.賀爾蒙檢測：各種甲狀腺素、副甲狀腺素、性賀爾蒙、腦下垂體賀爾蒙、腎上腺素賀爾蒙。
4.癌症標幟檢測：甲狀腺癌、腸胃道癌症、乳癌、肺癌、攝護腺等各種癌症標幟。
5.藥物濃度監控：常見治療藥物、麻醉藥物濃度監控及Busulfan血中濃度檢驗。
6.自體免疫抗體檢測：各種自體免疫疾病之相關抗體。
7.過敏原分析檢測：吸入性、食物、藥物及職業性等過敏原，總共可檢驗130種不同過敏原項目。
8.放射免疫分析：利用放射免疫分析特殊的賀爾蒙與抗體。
9.一般生化及血液檢測：一般體檢如血球分類、血糖、血脂、肝功能及腎功能等常規項目。
10.幽門桿菌呼氣試驗及幽門桿菌抗體檢驗。
11.水溶性維生素檢測:利用UPLC檢測水溶性維生素B1、B2及B6。
12.協助學術研究檢體分析：本中心多年來陸續接受國內重要學術機構及醫學中心委託，協助處理研究用特殊項目之檢驗分析，獲得信賴。
